医药代理商即医药生产厂家的二级经销商，也叫代进商。代进商可以进行买卖，有市场代理权。国家有明文规定，药品生产企业不能直接将药品供给终端市场，所以要通过中间环节医药代理商(药品批发企业)销售药品。医药代理商是有级别的，可分为省级代理(一级代理)、地级代理(二级代理)、三级代理。

　　“如果网上可以销售处方药，那么药企不需要把药批发给代理商，而是直接和第三方医药物流交接，由第三方进行终端配送，逐渐地医药代理商将消失。”邵清表示。国内的医药代理商也在寻找新出路，中国医药企业管理协会电子商务课题组核心专家谷军透露，现在广州的医药代理商开始抱团做电商平台。

　　顺丰介入第三方物流，增加网上药店的销售份额，挤压医药代理商的生存空间这是不争的事实。截至2014年12月31日，取得《互联网药品交易资格证书》的272家连锁药店，真正开展业务的不超过120家，营业收入在百万级以上的只有50家左右。

　　“很多网上药店由于无法支撑强大的物流成本而难有高销量。”陈红彦认为，第三方医药物流承担的不仅是速运药品的业务，还需要有库存业务。网上药店希望中间环节越少越好，这样就减少层层加价，最后药价便宜受顾客欢迎。现在顺丰等医药物流巨头的介入，将使得网上药店减少人力和物力成本去建库房，顾客购买哪种药，直接委托第三方物流平台快递过来即可。这种交易方式，会使得网上药店销售额增加，医药代理商作用越来越微小，逐渐被电商平台所代替是大势所趋。